1、身份不同。武警和军队一样，是由军委领导的的国家武装力量，在武警部队中服役的是现役军人，平时受军事化管理。公安特警是公安系统内的一个警种，包括传统意义上的特警（SWAT）、防暴警察、武装巡警以及其他公安系统的几乎全部的机动警力，公安人员都是国家公务员，公安特警都受过准军事化管理。
2、来源不同。武警一般在入伍时间录用，或者读军校、特招入伍。而公安一般从警校直接录入，或者通过招警考试录用，也会从退役军人中录用。
3、任务不同。武警主要担负着执勤、处突、反恐怖、海上维权执法、抢险救援以及防卫作战等任务，武警特勤主要对付劫机等严重暴力犯罪和恐怖活动，比如，我国的猎鹰突击队（SPC）、雪豹突击队等。公安的特警主要是给当地公安机关提供武力支持，担负武装巡逻、压制暴动、维持公共活动秩序等任务。