1、两者的特点不同：
（1）异花传粉的特点：异花授粉是植物界很普遍的授粉方式。它的花粉传播主要是靠风力或昆虫。依靠昆虫传粉的花叫做虫媒花，如梨、苹果、桃、柑橘、南瓜、油菜等植物的花。虫媒花的特点是花大，颜色鲜艳，有浓郁的香味和甜美的蜜汁，用于吸引昆虫，而且花粉较大，外壁有突起或粘质，很容易附着在昆虫的身体上。
（2）自花传粉的特点：自花传粉植物的花必然是两性花，雌、雄蕊挨得很近，花粉易于落到本花的柱头上；雌、雄蕊应是同时成熟。但具两性花的植物不一定都是自花传粉。被子植物大多为异花授粉，少数为自花授粉。
2、两者的概述不同：
（1）异花传粉的概述：异花授粉是指异株、异花以及不同无性系之间的授粉。有的植物雄蕊和雌蕊不长在同一朵花里，甚至不长在同一株植物上，这些花就无法自行授粉了，它们的雌蕊必须得到另一朵雄花的花粉，叫做异花授粉。
（2）自花传粉的概述：指这一朵花的花粉落到这一朵花雌蕊柱头上的现象（区别于异花授粉）。自然界少数植物是自花传粉的，如大麦、小麦、大豆等。
3、两者的影响不同：
（1）异花传粉的影响：异花授粉能防止近亲交配降低生存率的情况。遗传基因相同的个体进行自体受精或近亲间发生近亲交配时，会增加劣质基因配对产生劣质后代的可能性。
植物近亲交配形成的种子是无法顺利成熟的。即使能够成熟，种子的体型也会很小并且很可能无法萌芽。这些种子发育成的植株也不可能茁壮成长。松树近亲交配长出的种子很早就会停止发育。
（2）自花传粉的影响：自花传粉植物的卵细胞和精细胞产生于相同条件，遗传异质性差异较小，融合后所产生的后代生活力较弱。长期的自花授粉，会使后代生活力逐渐衰退，克服的方法是实行品种间杂交。