1、疫病:如果感染疫病以后，主要出深绿色病斑，病斑边缘不明显，扩展速度很快。病斑会逐渐腐烂。最后表面生白色霉状物。湿度大是发病诱因，预防主要是选择高燥的种植地，适当稀植。防治就是要喷洒75%百菌清可湿性粉剂600倍溶液，或者是80%喷克可湿性粉剂600倍溶液喷雾治疗。
2、果实蝇:果实蝇在苦瓜内产卵，孵化后在里面啃食危害，危害部位会变黄，流胶，容易掉落。最后出现烂瓜现象。这样主要是要在稳果后套透明塑料袋保护。使用一些引诱剂诱杀成虫，使用90%晶体敌百虫800倍溶液喷洒消灭成虫。对烂瓜内的幼虫直接用开水烫死。
3、化瓜:有些苦瓜还没长大，就烂掉了，好像也没有感染病害，那有可能是化瓜现象。原因是空间郁闭，光合作用不良，营养物质不足；或者是植株营养分配不均，得不到营养烂掉。也有可能是缺乏元素，磷、钾、钙。预防，可以在开花时使用钙肥、苗期也要持续补充钙肥。种植时最好不要过于密集。
4、炭疽病:病状是从苦瓜中间部位开始烂掉，病斑中间是暗黄色，外围是金黄色，最后会逐渐扩展，可能会从病部烂掉。预防主要是消毒种子，使用50%的双氧水浸泡几个小时。或者在热水中浸泡。低温发病严重，可以延迟播种时间。使用75%的百菌清可湿性粉剂700倍溶液喷洒，或者是50%的苯菌灵可湿性粉剂1500倍溶液喷雾。一周一次，连续两次。