1、石菖蒲辛香偏燥而散，故阴虚阳亢，精滑汗多，心血虚者不宜使用。
2、石菖蒲辛香偏燥而散，有伤津耗液之弊，故阴血不足者禁用；若临床表现为烦躁汗多，咳嗽，呕血，精滑者慎用。
3、石菖蒲有抑制中枢神经系统的作用，故老年患者及婴幼儿慎服。
4、石菖蒲抑制肠道平滑肌收缩，具有促进消化液分泌的，故消化性溃疡者慎服；腹胀便秘者慎用。
5、本品气香能透心气，但心性喜敛而恶散，故为心病所忌用。6.石菖蒲味辛芳香，偏燥而散，故阴虚津少，汗多伤津，干咳、呕血等阴津不足者，以及肝阳上亢或阴虚失养所致之目眩头晕等症者不宜使用。