1、成功的益生元应是在通过上消化道时，大部分不被消化而能被肠道菌群所发酵的。最重要的是它只能刺激有益菌群的生长，而不刺激有潜在致病性或腐败活性的有害细菌。最基本的益生元为碳水化合物，但从定义上来讲并不排除被用作益生元的非碳水化合物物质。理论上，任何可以减少有害菌种，而有益于促进健康的菌种或活动的抗生素都可以叫做益生元。
2、由于益生元不能被人体分解、吸收和利用，通过消化道到达结肠后，有的能被结肠菌群分解和利用，而促进结肠菌群的生长，在改善肠道微生态、 促进脂质、蛋白质与矿物类代谢方面具有重要意义，所以愈来愈广泛地被应用于食品、饲料等领域中。