1、条件区别
在谈论益生菌时必须满足三个条件：活的微生物、摄入足够的量、对宿主健康有益。在谈论乳酸菌时应该注意两个方面：乳酸菌是一种细菌；能发酵糖类生成乳酸。
2、功效区别
益生菌的功效：帮助营养物质的消化吸收。预防和治疗某些疾病，如肠道综合症、呼吸道感染、过敏、口臭、胃溃疡等。抵抗细菌病毒的感染，提升免疫力。改善制品风味，提高蛋白质、脂类和维生素等的代谢；调节肠道功能；降胆固醇抗高血压功能；增强免疫力;抗癌、抗肿瘤作用。
乳酸菌的功效：防治有些人中普遍患有的乳糖不耐症（喝鲜奶时出现的腹胀、腹泻等症状）。促进蛋白质、单糖及钙、镁等营养物质的吸收，产生维生素B族等大量有益物质。增加肠道有益菌群，改善人体胃肠道功能，恢复人体肠道内菌群平衡，形成抗菌生物屏障，维护人体健康。抑制腐败菌的繁殖，消解腐败菌产生的毒素，清除肠道垃圾。抑制胆固醇吸收，降血脂、降血压作用。