1、南京全市有11个辖区，分别为：玄武区、秦淮区、建邺区、鼓楼区、栖霞区、雨花台区、江宁区、浦口区、六合区、溧水区、高淳区；此外，南京还设立有一个国家级新区：江北新区。
2、玄武区：是南京的核心城区，总面积75.46平方公里，下辖7个街道、59个社区，常住人口60.02万，户籍人口47.75万，是南京市委、市政府及众多省、市直机关所在地，也是东部战区、东部战区空军等部队首脑机关所在地。辖区内山水城林优美，紫金山、玄武湖占全区面积近50%，全区绿化覆盖率达61.91%。历史底蕴深厚，十朝都会宫阙御园多建于此，明孝陵、中山陵、总统府等历史文化遗存闻名中外。
3、秦淮区：2013年2月17日，国务院正式批复关于调整南京市部分行政区划的请示，同意撤销南京市秦淮区、白下区，设立新的南京市秦淮区，以原秦淮区、白下区行政区域为新的秦淮区行政区域，秦淮区人民政府驻五老村街道太平南路69号。3月28日，新的秦淮区正式揭牌成立。新的秦淮区地处南京主城东南，是南京市四个主城区之一，区域面积49.11平方公里，东与江宁区上坊接壤，西至外秦淮河与建邺区相连，北以中山东路、汉中路为界与玄武、鼓楼两区交界，南以雨花东路、卡子门大街为界与雨花台区相邻。
4、建邺区：地处南京市主城西南部，东依外秦淮河，西临长江，南到秦淮新河，北至汉中门大街，区域面积83平方公里。现辖6个街道（办事处）60个社区，常住人口约47.26万人，总人口约60万人。区域内有被誉为“金陵四十八景”之首的莫愁湖，有中国“三大名锦”之一的民族工艺瑰宝—中华云锦，有南京奥林匹克体育中心、江苏大剧院、绿博园、侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆等历史文化资源。作为南京的中心城区之一，建邺是一个古老而又年轻的城区。