1、辣根和芥末不是同一种东西。
2、定义不同：市面上较为便宜的“绿芥末”，大多是用辣根制成的。它是十字花科马萝卜属。不过，辣根的根部是浅黄白色，加入了绿色色素才变成市面上的样子。辣根的英文名叫Horseradish，直译为“马萝卜”。传统意义上的芥末，其实是指用芥菜籽研磨而成的调味品，它是世界上最普及，也是历史最悠久的香料之一。
3、味道不同：辣根含有辛辣的异硫氰酸酯类化合物，有杀菌功效。完整的芥菜籽本身是不辣的。芥菜籽粉碎并加水之后，其中含有的芥子硫苷和芥子酶才会水解反应，生成辛辣的异硫氰酸酯。
4、产地和出现时间以及初始作用不同：辣根原产于中欧地区，早期只是药用植物，用来治疗咳嗽、风湿等病症。芥菜籽在石器时代已经出现，古代的欧洲人一般把芥菜籽视作药物而非食物，用来治疗牙疼等一系列疾病。