1、吴茱萸此药可以用来治疗寒滞肝脉导致的各种疼痛。此药是治疗此类疾病的要药。对于寒疝腹痛的疾病，可以配伍小茴香、川楝子一同使用，如导气汤。对于冲任虚寒，瘀血阻滞导致的痛经等疾病，可以配伍当归、桂枝一同使用，如温经汤。对于寒湿郁结，脚气肿痛等疾病，可以配伍槟榔、木瓜一同使用，如鸡鸣散。
2、此药可以用来治疗呕吐吞酸等疾病。此药有温中散寒，疏肝降逆止呕的功效。对于肝火反胃、肝胃不和导致的呕吐吞酸等疾病，可以配伍黄连一同使用，如左金丸。对于胃寒呕吐，可以配伍半夏、生姜一同使用。
3、此药可以用来治疗五更泄泻，此药有温脾益肾、助阳止泻的功效，可以配伍补骨脂、肉豆蔻、五味子等一同使用，如四神丸。