1、冬虫夏草需注意防潮、防霉和防蛀，如果只需保存很短时间的话如几天或十几天，只需放在阴凉干燥的地方就行了。如果保存时间稍长如1个月以上，可将冬虫夏草装入干净完好的塑料袋，袋子要有一定厚度不要太薄，再将袋口封严，在装好虫草的塑料袋外面再套两层塑料袋并封好口，置冰箱中冷藏（温度在2～8度为好），不可冷冻，如果量大或者需要放置较长时间最好再在袋内放一些干燥剂，这样保存一般可确保冬虫夏草完好，品质不会降低。
2、在保存时应注意定期检查，至少1个月1次，万一发现受潮或发霉，应立即晒干然后再按该方法继续保存。并不是所有的冬虫夏草都有药用功效，虫草受潮后要化苗，即虫体成空过壳，捏后变扁，但虫草质量降低。若用白酒喷撒虫草(每千克用250ml酒)，喷后再喷水，用硫磺熏，可保几个月不化苗。发现虫草受潮后，应立即曝晒。若生虫，可用硫磺熏之，或用炭火微微烘焙，事后筛去害虫虫体与蛀屑。