1、肠道有寄生虫。蛔虫寄生在宝宝的小肠内，不仅掠夺营养物质，还会刺激肠壁，分泌毒素，引起消化不良。宝宝的肚子经常隐隐作痛，就会造成失眠、烦躁和夜间磨牙。
另外，蛲虫也会引起磨牙。蛲虫平时寄生在人体的大肠内，宝宝入睡以后，蛲虫会悄悄地爬到肛门口产卵，引起肛门瘙痒，使宝宝睡得不安稳，出现磨牙。
2、晚餐吃得过饱，或者临睡前加餐，不仅影响营养素吸收，而且增加胃肠道的负担。因为入睡时，胃肠道里还积存着大量没有被消化的食物，整个消化系统就不得不“加夜班”，连续工作，甚至连咀嚼肌也被动员起来，不由自主地收缩，引起磨牙。
3、缺乏维生素D的宝宝。由于体内钙、磷代谢紊乱，会引起骨骼脱钙，肌肉酸痛和植物神经紊乱，常常会出现多汗、夜惊、烦躁不安和夜间磨牙。
4、精神紧张或兴奋。有少数宝宝平时并不磨牙，但如果临睡前听了扣人心弦的故事，或刚看完恐怖、紧张的电视或动画片后，由于神经系统过于兴奋，也会出现夜间磨牙。
另一个原因是压力大，如不适应幼儿园生活、害怕班里的某个小朋友、与父母或者家人争吵等，都会令宝宝的精神紧张，导致宝宝晚上睡觉磨牙。此外，一些过度活跃的宝宝也会发生夜间磨牙。
5、牙齿排列不齐咀嚼肌用力过大或长期用一侧牙咀嚼，以及牙齿咬合关系不好，发生颞下颌关节功能紊乱，也会引起夜间磨牙。而且，牙齿排列不整齐的宝宝，咀嚼肌的位置也往往不正常，晚上睡眠时，咀嚼肌常常会无意识地收缩，引起磨牙。
6、睡眠姿势不好。如果宝宝睡觉时头经常偏向一侧，会造成咀嚼肌不协调，使受压的一侧咀嚼肌发生异常收缩，因而出现磨牙。宝宝晚上蒙着头睡觉，由于二氧化碳过度积聚，氧气供应不足，也会引起磨牙。