1、冰箱冷藏
香菇洗完常温放置容易变质，最好放在冰箱冷藏保存，此时香菇的细胞壁会破损。不过，建议先把水沥干，等到香菇表面变干燥后再放在冰箱保存。
2、晒干保存
洗过的香菇还可以采取晒干处理。不过，洗过的香菇晒干后是黑色的，影响美观，口感上也会稍逊于自然风干的香菇。
3、清水浸泡
洗完不立即吃的，不妨放在水里浸泡。放入容器中，倒入清水淹没香菇，如香菇上浮可压个重物。此法宜于短期存放，要注意不要采用铁质容器，以免鲜香菇变黑。
4、盐水浸泡
将洗好的香菇再放入1%的盐水中浸泡10-15分钟，捞出后沥干水分，装入塑料袋中，也可保鲜3-5天。
5、注意：保存的时候若发现香菇菇伞变黑时就应丢弃，因为发黑的香菇就已经变质，它的气味也有变化，如果有发黑的香菇没有及时丢弃和好香菇混在一起，会影响其它的香菇。