1、选种采种：黄连2～3年生植株所结的种子发育不良，发芽率很低，不宜作种用。应采集4～5年生植株所结的种子。于5月上旬立夏前后，当蓇葖果变为黄绿色并出现裂痕、尚未完全开裂时，及时采收充实饱满的果实。
2、种子处理：黄连种子属低温型，且休眠期较长，达9个月以上。需要经过一个低温阶段才能打破其休眠而发芽。同时种子一经干燥，就丧失发芽能力。因此，必须进行湿砂层积处理，置于低温条件下贮藏，才能完成胚后熟阶段。如先将即将开裂的果实连果柄一同剪下，置室内通风阴凉处摊放后熟2~3天。待蓇葖果开裂后拍打出种子，簸去杂质及扬去瘪籽。然后，将种子与3份湿润的细砂土混拌均匀，装入木箱，可置山洞内贮藏。若少量种子，可趁鲜放入冰箱内，在0～6℃低温下，贮藏180天，其发芽率可达90％以上。
3、播种方法：于秋季10～11月进行为宜。撤播，将保鲜籽与20倍的过筛细腐殖质土，充分混拌均匀撤于哇面上。要播得均匀，播后用木板稍加压实，使种子与土壤密接，再撤益一层厚0.5～0.7厘米的细碎粪土，以不见种子为度。最后，畦面薄盖1层稻草，保温保湿，以利出苗。于翌年早春气温回升后即揭去。每亩用种量3～4公斤，可育苗50多万株。