1、精英里程不同。南航明珠金卡累计标准里程的30%，南航明珠银卡累计标准里程的15%。
2、本人经济舱全票价订座时间不同。南航明珠金卡持卡人可以在航班起飞前48小时提出保证本人经济舱全票价订座，南航明珠银卡持卡人可以在航班起飞前72小时提出保证本人经济舱全票价订座。
3、南航贵宾休息室特权不同。南航明珠金卡持卡人可以邀请一名当天同是乘坐南航航班的旅客共同进入明珠精英会员休息室，南航明珠银卡持卡人仅限本人进入明珠精英会员休息室。
4、行李免费标准不同。南航明珠金卡持卡人每超额20公斤行李计作1件，南航明珠银卡持卡人每超额10公斤行李计作1件。
5、在航班不正常的时候，南航明珠金卡和银卡持卡人可以在餐食、住宿、赔偿方面，享受优于经济舱旅客的服务优待，具体标准按照南航不正常航班旅客规则执行。
6、南航明珠金卡和银卡持卡人可以在广州、北京、上海（浦东）、大连、哈尔滨、长春、沈阳、乌鲁木齐、武汉等地的南航机场，使用相关权益。