1、微生物因素，细菌感染可能不是慢性鼻窦炎直接发病的因素，但细菌可能通过其他途径激发鼻腔鼻窦粘膜炎症；真菌可引起炎症反应，造成上皮破坏或细菌定植，从而导致慢性鼻窦炎；病毒可破坏上气道的粘膜上皮屏障，在慢性鼻窦炎发病中可能发挥一定的作用。
2、局部因素。鼻纤毛功能障碍，慢性鼻窦炎患者常由于鼻腔鼻窦上皮受损出现继发性的纤毛运动障碍，解剖异常可能成为慢性鼻窦炎发症病的潜在危险因素，上皮屏障破坏，细菌可促进慢性鼻窦炎的发生和发展。
3、全身因素。过敏反应与慢性鼻窦炎可能是伴发关系，而非因果关系。
4、其他因素,。支气管哮喘、幽门螺杆菌感染及胃食管反流与慢性鼻窦炎有相关性。