1、格列佛在家呆了一段时间，又随”好望号”出海。这一次，格列佛所乘的船遭贼船劫持，格列佛侥幸逃脱，被一座叫”勒皮他”的飞岛救起。这些人的相貌异常，衣饰古怪，整天沉思默想。国王和贵族都住在飞岛上，老百姓则住在巴尔尼巴比等三座海岛上。
2、飞岛国的统治者过着阳光雨露、衣食富足的生活，而下层的人民却过着缺衣少穿的苦难生活。飞岛国的人很注重科学研究，他们设计从黄瓜里提取出阳光，用实验法把粪便还原为食物，用猪耕地，利用蜘蛛结网，用风箱打气治病——他们是一群空想、不尊重科学规律的“万能学者”。
3、格列佛离开飞岛后，来到巴尔尼巴比进行访问，并参观了岛上的”拉格多科学院”，这所科学院研究的部是些荒诞不经的课题，结果造成全国遍地荒凉，房屋坍塌，人民无衣无食，接着，格列佛来到巫人岛，岛上的总督精通魔法，能随意召唤任何鬼魂。
4、格列佛因此会见了古代的许多名人，结果发现史书上的记载很多不符合史实，甚至是非颠倒。尔后，格列佛又游览了拉格耐格王国，见到一种长生不老人”斯特鲁布鲁格”。离开该国后，格列佛来到日本，然后乘船回到英国，这次航历时五年六个月，是时间最长的一次。