1、脂肪含量不同。全脂奶粉脂质含量较多，因此通常具有浓郁的奶香味，日常适合大部分人群食用，尤其适宜儿童食用。而脱脂奶粉脂肪含量低，蛋白质含含量高，因此热量低于全脂奶粉，口感稍微粗糙，适合于需要补充高蛋白质的人群，还适合于患有部分疾病的人群，如高血糖、高血脂、高胆固醇等。
2、营养元素含量不同。全脂奶粉含有较多的脂溶性维生素及其它多种营养元素，有益于全面均衡的补充营养。而脱脂奶粉虽去除了脂溶性维生素，但含有较多的蛋白质、钙、磷等微量元素，因此有助于钙质的补充及吸收。
3、保存的难易程度不同。由于全脂奶粉当中，含有的脂肪较多，容易受高温和氧化作用而变质，而脱脂奶粉中脂肪含量较少，相对于全脂奶粉来说更易保存。