1、科属区别。上文已经介绍过，大黄鱼和小黄鱼的类别并不完全相同，其中大黄鱼是大黄玉种的，小黄鱼是小黄鱼种的，虽然关系比较近，都是黄鱼属的，但不完全相同。
2、头部区别。二者的头部也有一定的差异，相比之下还是大黄鱼的头更大一些。
3、身体形状区别。大黄鱼的身体形状比较特殊，比较接近于正方形，非常宽。但小黄鱼与之相比则窄一些。
4、体型区别。大黄鱼和小黄鱼的体型也是有差异的。大黄鱼的体型比较大，体长一般在30厘米左右。小黄鱼的体型小一些，成年个体的体型一般在20厘米左右。
5、肉质区别。大黄鱼的肉相对较多，刺显得比较少，但肉质粗一些；小黄鱼正好相反，它们的肉质较好，但鱼刺感觉比较多。