1、树木品种区别：可可豆是从可可树结的豆荚里面取出来的种子，劈开可可豆豆荚，就能见到裹在白色絮状物质当中的可可豆。取出豆子晾干，再经过焙烤，就是可可豆了。咖啡豆则是咖啡树所结果实的种子，咖啡果实的颜色为鲜红色，果肉甜甜的，内含一对种子，也就是咖啡豆。
2、用途区别：可可豆是制作巧克力的关键原料，从可可豆里面可以提炼出可可脂，也可以做成可可热饮，咖啡豆则通常只是用来喝，是不能做巧克力的。
3、采摘周期区别：咖啡豆一年可采摘一次，而可可豆的生长周期较长，需要两年才可采摘一次。
4、原产地区别：可可豆原产于美洲热带地区，当地人非常喜欢食用可可，而咖啡豆原产地为非洲的埃塞俄比亚，咖啡树只适合生长在热带或亚热带，所以南北纬25度之间的地带，一般称为咖啡带或咖啡产区。