1、成分不同：磁铁矿主要成分为Fe3O4，含铁有磁性。赤铁矿主要成份为Fe2O3，含铁无磁性，大部分呈现红色。
2、外形不同：磁铁矿单晶体常呈八面体，较少呈菱形十二面体。在菱形十二面体面上，长对角线方向常现条纹。集合体多呈致密块状和粒状。颜色为铁黑色、条痕为黑色，半金属光泽，不透明。硬度5.5～6.5。比重4.9～5.2。具强磁性。赤铁矿是自然界中分布很广的铁矿物之一，可形成于各种地质作用。外观具金属光泽的玫瑰花状、片状、晶质细鳞状、状或肾状的赤铁矿。颜色通常为红褐色。
3、开采价值不同：我国的选矿大部分选的是磁铁矿，是物理选矿，技术上容易实现，开采价值高。低品位的赤铁矿选矿工艺复杂，不易实现。在氧化带里，赤铁矿可由褐铁矿或纤铁矿、针铁矿经脱水作用形成。但也可以变成针铁矿和水赤铁矿等。在还原条件下，赤铁矿可转变为磁铁矿，称假象磁铁矿，开采价值不大。