1、人类在进入上世纪五十年代之后，对于人工介入植物成长方面的知识越来越成熟，那时候人们认识到基因的改变，能够让植物更加适应环境，同时植物能够给产出更多的果实。因此杂交水稻开始逐渐出现，在世界各个地区被逐渐接受。普通水稻是自然界的产物，根据考古学家的发现，水稻最早在中国出现，已经有七千年以上的历史，而且考古学家发现了当时的水稻，科学家发现古代的普通水稻和现代的普通水稻基本上没有太大差别，只不过经过人工的细心栽培，现在的普通水稻颗粒更大一些，但是需要指出的是差别极为细微。杂交水稻和普通水稻完全不一样，由于人类对于水稻基因的干涉，所以杂交水稻产量完全超越普通水稻。
2、杂交水稻和普通水稻在育种方面有很大的不同，杂交稻是通过不同的水稻结合产生的种子，也就说杂交稻需要有父本和母本，从而才能够产生种子，这也是杂交水稻的优势，生产上表现出高产，而且杂交水稻抗病能力非常优越，普通水稻种子不具备，这样的育种优势。