1、外观不同：转基因大豆呈现亮黄色，非转基因大豆呈现淡黄色。而且转基因大豆要普遍比非转基因的大豆大，因为是人工培植，其内部的营养成分以及基因和非转基因不一致，转基因生产的大豆会更加的饱满。2、产量不同：转基因的大豆产量是非转基因的数倍。正因如此，转基因大豆才收到很多种植机构或者种植户的青睐。但是在另一方面，转基因的大豆的营养并没有非转基因的大豆要高。
3、发芽的能力不同：用水浸泡大豆三天，能够从发芽程度上进行判断。转基因大豆是不会发芽的，只会变得个体膨胀；而非转基因大豆就能很清晰的看到芽苗生长出来。
4、大豆虫蛀程度不同：由于转基因大豆转入了抗虫、抗药的基因，所以转基因的大豆通常形态整洁，几乎看不到任何虫蛀痕迹。而非转基因若是保存不当便容易生虫蛀。