1、可以用水箱清洁剂清洗除垢。一般的清洗剂，无法彻底清除水道内的水垢和酸性物质，有时也能泡下来大片脱落的水垢，但这样会堵塞水道，有时要拆下水箱进行清洗。如果用质量好的强力清洗剂，水垢会呈现粉末状悬浮在冷却液中，不会堵塞发动机内的水道。
2、人工清理法：需把汽车水箱拆卸下来，用人工锤、刮、铲等清除水垢；除垢效率低、劳动强度大，不易清除干净，清洗过程中应小心避免水箱造成水箱二次损害。普通水垢清洗剂：需拆卸水箱，清除不彻底、异味大、腐蚀性强，易造成水箱老化，缩短其使用寿命。
3、专业汽车水箱除垢剂：不需拆卸即可清洗，还可在不停车的条件下清洗。可直接将专用的水垢清洗剂倒入汽车水循环系统中，让其浸泡、怠速循环或行驶20-30分钟后，将水箱及系统内部的除垢剂排放掉，加水反复冲洗干净既可有效清除发动机水循环系统中的水垢、锈、泥及各种有害物质。