1、加热效果不同：微波炉的微波穿透食物时产生热能效应，在加热的同时，会使食物的水分和营养的流失加快。使用过微波炉的人应该都知道，用微波炉热东西快速方便，但是很容易 干，比如你放个馒头进去，加热后拿出来可能就不会想吃了，完全没有软乎乎的感觉，将水分都烤走了大半，硬邦邦的，吃起来口感很差，而用电烤箱烘烤的效果就是酥脆的，虽然不是蒸出来的那种软软的口感，但还是别有一番风味。
2、侧重点不同：微波炉主要用来快速翻热食物，能节省很多时间，网上有很多微波炉做菜的菜谱，采用专门针对微波炉的烹饪方法和技巧，也能做出不少好吃的菜。电烤箱用来加热食物就不大适合了，一般会比微波炉多花一倍的时间，耗电量大，只用来烘焙食物就好，面包、蛋糕、比萨、烤肉等众多美食，都可以很好的做出来。
3、加热原理不同：电烤箱和微波炉最根本的区别就是加热原理，电烤箱是利用加热管的热辐射进行加热的，属于传统的加热方式，食物由外及里的传热，而微波炉是用微波来煮饭烧菜的，食物由里及外的传热，两种加热方式有着本质上的区别，一个是电热加热，一个是电磁波加热，因此造成了其烘烤效果的不同。