1、金瓶掣签制度是清廷为确认藏、蒙地区藏传佛教转世大活佛而制定的制度。在历史上，大活佛转世灵童的认定都是由“吹忠”（护法喇嘛）作法降神祷问指定，引发了贿赂、假托神言、任意妄指等不良之风，因此当时的转世灵童大多出自于王公贵族之家，一些上层贵族或大喇嘛乘机操纵了宗教大权。清高宗年间，噶举派红帽系的十世活佛借故要分割扎什伦布寺的财产，失败后竟然勾结了廓尔喀入侵后藏。清政府击退廓尔喀的人侵，并且下谕命令进藏官员议定善后的章程。
2、17世纪格鲁派掌权后，活佛转世成为西藏特权阶层争夺利益的手段。为了杜绝大喇嘛族属传袭的流弊，在1793年，乾隆帝正式颁布《钦定藏内善后章程》二十九条，明确规定:“大皇帝为求黄教得到兴隆，特赐金瓶，今后遇到寻认灵童时,邀集四大护法，将灵童的名字及出生年月，用满、汉、藏三种文字写于签牌上，放进瓶内，选派真正有学问的活佛，祈祷7日，然后由各呼图克图和驻藏大臣在大昭寺释迦牟尼佛像前正式站定。”认定达赖、班禅的灵童时，“亦须将他们的名字用满、汉、藏三种文字写在签牌上，同样进行”。同时颁赐一个金瓶放置于拉萨大昭寺（后移布达拉宫），专掣达赖、班禅等藏族大活佛，再颁赐一个金瓶于北京雍和宫，掣定蒙古族的大活佛，形成了以“金瓶掣签”认定活佛转世灵童的制度。