1、形状不同
玉髓以乳状或钟乳状产出，常呈肾状、钟乳状、葡萄状等，具有蜡质光泽。
玛瑙常呈致密块状而形成各种构造，如乳房状、葡萄状、结核状等，常见的为同心圆构造。颜色不一，视其所含杂质种类及多寡而定，通常呈条带状、同心环状、云雾状或树枝状分布，以白色、灰色、棕色和红棕色为最常见，黑色、蓝色及其他颜色亦有。
条痕白色或近白色。蜡状光泽，半透明至透明。贝壳状断口。
2、化学成分不同
玉髓被人们当作宝石，主要用作首饰和工艺美术品的材料。玉髓与人们熟知的玛瑙是同种矿物。有条带状构造的隐晶质石英就是玛瑙，没有条带状构造、颜色均一的隐晶质石英就是玉髓。
主要化学成分SiO?；可含有铁(Fe)、铝(Al)、钛(Ti)、锰( Mn)、钒(V)等元素。结晶状态：隐晶质集合体，呈致密块状，也可呈球粒状、放射状或细微纤维状集合体。
常见的主要颜色：以透明至白色较普遍。也有极少数颜色鲜亮质地通透的品种。其余的比如红，绿，蓝，紫等也都有少数产出，但是因为此类颜色的宝石品种较多。
玛瑙主要成分为二氧化硅，由于与水化二氧化硅（硅酸）交替而常重复成层。因其夹杂氧化金属，颜色可从极淡色以至暗色。用铁、钴、镍等盐类，任它们自然渗透于硅酸凝胶中，能人工制成玛瑙，天然玛瑙可能亦是在相似情形下生成的。
玛瑙的历史十分遥远，大约在一亿年以前，地下岩浆由于地壳的变动而大量喷出，熔岩冷却时，蒸气和其他气体形成气泡。气泡在岩石冻结时被封起来而形成许多洞孔。很久以后，洞孔浸入含有二氧化硅的溶液凝结成硅胶。含铁岩石的可熔成份进入硅胶，最后二氧化硅结晶为玛瑙。