1、颜色上区别，虽然南红玛瑙是红玛瑙中特殊的品种，但是从视觉上来讲，红玛瑙的颜色有很多种，且红色系跨度很大，从红色到深红色，其表面有明显的红白缠丝玛瑙纹。而南红玛瑙虽然也以红色调为主，但是它的颜色更加红润、鲜亮，并且更多的会呈现浓重的红色。
2、质地上的区别，从红玛瑙和南红玛瑙的质地来看。普通的红玛瑙质地坚硬，大多会呈现玻璃质感，看起来活性相对不足。而南红玛瑙会有一种玉质感或胶质感，其手感油润光滑，并且油密性较强，整体显得比较有活性。
3、透光性的区别，从南红玛瑙和红玛瑙的透光性来看。南红玛瑙的特点是在强光照射下会微透光，同时布满朱砂点，并且颜色比较浓郁。而红玛瑙虽然也透光，但是在强光下会显得浑浊，同时也不会出现朱砂点。