1、性质不同：方解石是一种碳酸钙矿物，天然碳酸钙中最常见的就是方解石。白云石化学成分为CaMg(CO3)2，晶体属三方晶系的碳酸盐矿物。
2、晶体结构不同：白云石的晶体结构与方解石类似，晶形为菱面体。方解石是一种分布很广的矿物。方解石的晶体形状多种多样，集合体可以是一簇簇的晶体，也可以是粒状、块状、纤维状、钟乳状、土状等。
3、成分不同：方解石化学组成CaO占56.03%，CO2占43.97%，常含Mn和Fe，有时含Sr 。其名称来源于其易沿其解理破碎成方形小块。白云石在蛇纹石化过程中释放大量的Mg2+，含Mg2+热液上升到盆地碳酸盐岩中与CaCO3发生强烈的镁交代，形成白云岩。