1、上都，是元朝建立后的第一个首都，位于今内蒙古自治区正蓝旗东20公里闪电河北岸。
早在忽必烈未即位前的1256年春，他即命近臣僧子聪(刘秉忠)于桓州城东、滦水北岸的龙冈相地建城，以此作为他统领漠南汉地军国庶事的藩府驻地。1258年新城建成后，被命名为开平。蒙古大汗蒙哥去世后，忽必烈在1260年春于此正式即位，建元中统。
2、大都，位于今天的北京，是元朝建立的第二座都城，也是有元一代最为重要的一座都城。
元朝建立后，因统治重心南移，忽必烈在继续扩建上都的同时，于至元元年(1264)八月，将原金朝首都燕京定名为中都，开始正式确立两都巡幸制度。至元四年，因中都旧城残破不堪，忽必烈决定在中都的东北建筑新城，至元九年二月，改中都名为大都。
3、元中都，位于今河北省张北县馒头营乡白城子。金属抚州，元属隆兴路。
大德十一年(1307)，即位不久的武宗海山下令于此处建旺兀察都行宫，第二年行宫建成后，立中都留守司兼开宁路都总管府，于是，元朝又一座都城产生了。