1、储藏的冬瓜应选择皮厚、肉厚、质地致密、表皮青绿发亮、布满蜡质、大小一致、无破损的晚熟大型品种。
2、窖库大小由所储数量而定，一般30平方米左右，能储5000千克冬瓜。窖库多为半地下式，高3.6米，地上和地下部各高1.8米，四周设置库窗，前后左右打开，便于通风换气。
3、冬瓜入库前2～3天密闭窖库，用高锰酸钾熏蒸消毒。在库底垫干草或草帘，上面摆放冬瓜，一般堆放不超过3层，以免压伤损坏。要根据冬瓜在田间生长时的状态摆放，这样可以使冬瓜保持原有的重力方向，瓜瓤不易裂伤，储藏时间更长。
4、冬瓜入窖初期加强通风，在中午气温高时打开窗户通风换气，以利于散热降温，排除湿气，降低环境湿度，保持窖内干燥。冬瓜储藏期间，窖温保持在10～15℃，相对湿度保持在70%～75%，以免发生冻害。一般可以储藏3～5个月。