1、指代不同：叔叔：古代词语中，称父亲的二弟为“叔父”，称父亲的弟媳为“叔母”，称丈夫的弟弟为“叔叔”。伯伯：可以称比自己父亲年纪大的男性长辈，或对朋友父亲的尊称，如“世伯”。“伯伯”、“阿伯”亦是对一般中老年男性的称呼。
2、用法不同：叔叔：称父亲的弟弟，女性对其丈夫的弟弟的称呼。伯伯：一般叫父亲的哥哥， 伯伯是一个亲属称谓，指父亲的哥哥，也叫伯父或阿伯，或简称伯。古称从父。不过，“伯（bǎi）”也可以指大伯子，即丈夫的哥哥。伯父妻子称“伯姆”或“伯娘”或“伯母”。
3、性质不同：叔叔：叔叔听起来年轻，如今在外面称呼年纪大的人为叔叔，叔叔已经成了一种敬称。伯伯：称伯伯显得老，对于比自己父亲年纪大的人的礼貌称呼。