1、焖烧杯在闷烧方面很难掌控食物的烹饪程度，如果没闷烧好就打开了盖子，热气涌出，后续闷烧很难持续进行，如果食材过生，有时也容易导致食物夹生。因此，虽然焖烧杯比较方便，但很多人为了吃到熟透的食物，不得不先把食物做成半生的再放入焖烧杯，其实花费的精力并不比直接做熟食少。
2、焖烧杯中保温效果太好，比起饭盒，用焖烧杯带食物更容易让食物过熟，影响口感。焖烧杯只能用来带一些糜烂的流体食物，而且口感上不能要求太高。
3、焖烧杯中温度高，容易滋生细菌。焖烧杯保温效果好，内部食物长期处于高温湿热环境，这也是细菌最爱的环境。携带食物后，如果不及时吃完，或吃完后不及时清理焖烧杯，都容易导致细菌繁殖。