1、中央空调水管内表面附着的主要是Ca2+、Mg2+、Fe2+等化合物即水垢，属于中性，可以采用8%~10%的中性除垢剂、缓蚀剂、镀膜水溶液清洗三遍。第一遍连续循环12小时，第二遍连续循环6小时，第三遍连续循环1小时，并及时检测水质及水管表面情况。一般情况下清洗三遍都能清洗干净，对于长期没有清洗的空调水管在清洗第三遍时应适当延长清洗时间。
2、由于大部分中央空调冷却水系统是开式循环系统，冷却水与空气长期接触，空气中的CO2、SO2、NO2、O2等气体便会溶解于冷却水中，同时呈现酸性及强氧化性(如冷却水泵的叶轮出现气蚀现象)，久而久之，冷却水管、填料表面、集水盘形成一种含有嗜肺军团菌、b-溶血性链球菌、藻类、O2+的等致病微生物附着物，严重的腐蚀水管、污染环境。因此清洗时采用若酸性清洗剂，采用5%的弱酸性除垢剂、缓蚀剂、镀膜水溶液清洗三遍，其清洗程序同中央空调水系统的清洗程序一样。
3、通风管道系统的清洗是清洗工作中的关键难点，因为通风管道一般在吊顶内，即使不在吊顶内因为风管都是密封连接的，也很难清洗，常采用机械清洗方法。现在常见的清洗方式是从机组的帆布软连接处将检测机器人或气动机器人放置在通风管道内，通过管道外的机器人操控箱控制通风管道内的清洗机器人，对于含尘量较多的管道系统还得用风管集尘器彻底收集管道中的垃圾，以防止造成二次污染。