1979年与陈彩鸾结婚。
林清玄应付台湾报纸激烈的竞争，生活忙碌，内心空虚，陈彩鸾却无法与他进行精神上的沟通。
在某一年的新年，陈彩鸾离家外出不知去向。林清玄和儿子只能以方便面充饥，自己的家如此凄凉，林清玄心灰意冷。
三个月之后，林清玄选择辞职上山，隐居起来，两年后林才重入红尘。就在林清玄以为自己看破七情六欲的时候，他遇见了方淳珍。
在一个雨天之后林清玄提出了离婚的要求，陈彩鸾对离婚也持赞成态度。和陈彩鸾离婚以后，林清玄很快和方淳珍办理了结婚手续。
1997年娶了年轻貌美的方淳珍。
关于他的谣言便满天飞。林清玄一直保持沉默，他希望用沉默来打动大众，得到大家的理解和祝福。但事与愿违，大众对他的抗议终于在他宣布新婚的时候达到了白热化，甚至有激进的妇女组织，在“林清玄教育文化基金会”门口焚烧他的书。有人在网上大骂他是“伪君子”，有人说他“说一套，做一套”。
事实上，陈彩鸾却和方淳珍私交很好。平时她们会相约喝茶、聊天，方淳珍还会为林和陈彩鸾已经长大的儿子买电影票，约女朋友。当事的三人，早已相逢一笑不谈过去，林清玄对方淳珍说：“在脆弱中坚强才是真正的强健和坚忍，时间才是评价一个作家作品好坏的最公正的'法官。
林清玄早在之前的时候有过一段婚姻，他与第一个妻子结婚十年的时间，但后来就离婚了，可能是因为遇到了方淳珍，当时也因为这件事情林清玄深陷舆论中，很多人都少书声讨他，这在当时也是一件十分轰动的事情。
但林清玄还是依然坚持自己的选择，因为他在小时候就有一个娶“赫本”的梦想。
林清玄小时候家中十分穷，不过他热爱读书，小时候的时候他就有三个梦想，一个是成为一名成功的作家，这个他做到了，第二个是环游世界，成名之后，只要有足够的钱这个愿望自然也就实现了，还有一个愿望就是能够娶一位像“奥黛丽.赫本”一样美丽的女子。
为了这三个愿望他一直都在努力着，林清玄的长相并不出众，甚至可以说有点丑，但他后来遇到他的第二任妻子方淳珍的时候也是一下子就认定了她就是自己心目中的“赫本”，于是他用尽办法娶到了她。虽然当时很多人都觉得林清玄这样做并不正确，但他也想着完成自己的另外一个愿望。
因为这个愿望早在上初中的时候他就已经许下了，其实从另外一方面想，林清玄也是一位十分坚持的人，他和妻子方淳珍结婚以后，两人生活得也是十分幸福。