端宗继位
德祐二年(公元前1276)五月初一，益王在福州登位，改元景炎，是为端宗。广王晋封为卫王。江万载仍按谢道清嘱令暗中摄行军中事，少壮抗元派文天祥担任枢密使兼都督诸路军马。南宋末期抗元明暗两统帅第二次也是最后一次汇合，南宋形势大为好转。七月，文天祥在南剑州(今福建南平)开督府，福建、广东、江西的许多文臣武将、地方名士、勤王军旧部纷纷前来投效，文天祥又派人到各地招兵筹饷，很快组成了一支督府军，规模、声势比江西勤王军大得多。但是，朝中大臣陈宜中、杨亮节、曾渊子不能同心同德对付敌人，成为抗蒙事行动的一大障碍。
景炎元年(1276)10月，暗中摄行军中事的江万载命文天祥出兵汀州(今福建长汀)，不幸战斗失利。在蒙元的攻击下，南剑州也落入敌手，行都福安(即福州)失去屏障。江万载和丞相陈宜中、枢密副使张世杰紧急护送端宗和卫王登舟入海，以避兵锋。福安府随即陷落，南宋从此成为海上的流亡政府。
赣南奏捷
景炎二年(1277)初，元寇进逼汀州，文天祥退却到广东梅州(今广东梅州)。经过整顿，五月间又从梅州出发，打响了收复江西的战役。在文天祥的领导下，江西的抗元军事行动进行得如火如荼。各方义军配合督府军作战，分别夺回会昌、雩都、兴国，分宁、武宁、建昌三县豪杰，以及临川、洪州、袁州、瑞州的义兵都来请求督府节制。文天祥统一部署，挥师席卷赣南，占领了大片土地。
兵败被俘
景炎二年八月，蒙古铁骑发起大规模的进攻。文天祥被宋庭外派南剑州开督府时，本来就是陈宜中、杨亮节张世杰排挤迫不得尔的事，为保护南宋小朝廷和体恤老师江万里家族满门忠烈，死伤无数的惨况，拒绝了江万载派部分江氏子弟协助其筹组训练督府军的好意，并奏请杨太后及宋端宗下旨让江氏子弟去军择地隐居。因此，文天祥所募督府军由于没有作战经验和严格训练，战斗力不强，在铁骑猛烈的冲击下，惨淡收场，文臣武将或牺牲，或归降，文天祥一家只剩下老少三人。虽然文天祥受着国破家亡和妻离子散的巨大打击，但没有动摇其抗蒙意志。他带兵入粤，在潮州、惠州一带继续抗蒙。祥兴元年(1278)十二月二十日，南宋抗元明线统帅文天祥不幸在五坡岭被一支偷袭的蒙古铁骑俘获。他吞下二两脑子(即龙脑)自杀守节，但药力失效，未能殉国。
崖山决战
在蒙元的猛烈攻势下，南宋流亡政府窜逃到秀山(今广东东莞虎门的虎头山)。南宋抗元大本营暗线统帅——年逾70的江万载为救被台风所刮落海的宋端宗殉国，十一岁的端宗也惊悸成疾，在州(今广东湛江市)病逝。张世杰、陆秀夫江万载次子江钲立八岁的卫王继位，又把行朝迁到新会县南面大海中的山(广东省地图)。祥兴二年(1279)二月初六日，宋军视死如归，对蒙古舰队在海面上展开了惊心动魄的海战，最后张世杰统领的宋军战败，陆秀夫背负幼年皇帝蹈海殉国。
押送大都
崖山战役后，文天祥被俘并押到广州。张弘范对他说：“南宋灭亡，忠孝之事已尽，即使杀身成仁，又有谁把这事写在国史?文丞相如愿转而效力大元，一定会受到重用。”文天祥回答道：“国亡不能救，作为臣子，死有余罪，怎能再怀二心?”
大元为了使他投降，决定把他押送至元大都。在押送元大都途中，庐陵人王炎午张贴了数十张《生祭文丞相文》敦促文天祥舍身取义。文天祥一路上服毒，绝食，自谓“惟可死，不可生”。至元十六年(1279)十月，文天祥在一种求死不得、欲逃又不能的状态下抵达元大都燕京。
囚禁三年
文天祥从至元十六年(1279)十月抵达大都(一共花了五个月的时间纵断中国大陆)。到至元十九年十二月初九日(公元1283年1月9日)被杀，一共被囚禁了三年两个月。在这段期间当中，他曾历经绝食自杀失败，所以从那时起他便端然自处，等待着被忽必烈处刑之日的来临。元千方百计地对文天祥劝降、逼降、诱降，参与劝降的人物之多、威逼利诱的手段之毒、许诺的条件之优厚、等待的时间之长久，都超过了其它的宋臣。
原本是在元军监视之下宿于旅舍，后来则被监禁于半地下之牢狱，并铐上手铐脚链。不论遭受到如何严酷之对待，文天祥仍旧不屈不挠。文天祥的.态度始终如一，有时候手铐脚链会被取下。甚至连忽必烈大汗亲自劝降都未能说服他。因此文天祥经受的考验之严峻，其意志之坚定，是罕见的，从《正气歌》的惊天地泣鬼神可以体现文天祥誓死不屈的精神。文天祥于狱中写下了《正气歌》此处之“正气”，并不单指之于国家的忠诚而已，更是人类所自豪之步向高贵正道的精神。
骨肉难圆
文天祥的妻子欧阳夫人和两个女儿柳娘、环娘被蒙元政府俘虏后送到大都，蒙元政府想利用骨肉亲情软化文天祥。文天祥一共育有二子六女，当时在世的只剩此二女，年龄都是十四岁。文天
祥接到女儿的信，虽然痛断肝肠，但仍然坚定地说：“人谁无妻儿骨肉之情，但今日事已如此，于义当死，乃是命也。奈何!奈何!”又写诗道：“痴儿莫问今生计，还种来生未了因。”表示国既破，家亦不能全，因为骨肉团聚就意味着变节投降。
利诱和亲情都未能使文天祥屈服，元朝统治者又变换手法，用酷刑折磨他。他们给文天祥戴上木枷，关在一间潮湿寒冷的土牢里。牢房空气恶浊，臭秽不堪。文天祥每天吃不饱，睡在高低不平的木板上，又被穷凶极恶的狱卒呼来喝去，过着地狱一般的生活。疾病缠身。由于他坚决不低头，大元丞相孛罗威胁他说：“你要死，偏不让你死，就是要监禁你!”文天祥毫不示弱：“我既不怕死，还怕什么监禁!”在囚禁的孤寂岁月里，他写下了不少感人肺腑的民族主义诗篇。
封官诱降
至元十九年(洋历1282年)，忽必烈大汗问大臣们：“南方和北方的宰相，谁最贤能?”
群臣奏称：“北人无如耶律楚材，南人无如文天祥。”
忽必烈下了谕旨，拟授文天祥高官显位。投降元朝的宋臣王积翁等写信告诉文天祥，文天祥回信说：“管仲不死，功名显于天下;天祥不死，遗臭于万年。”王积翁见他如此决断，不敢再劝。
不久，忽必烈又下令优待文天祥，给他上等饭食。文天祥请人转告说：“我不吃官饭数年了。”
忽必烈召见文天祥，当面许他宰相、枢密使等高职，又被他严辞拒绝，并说：“但愿一死!”
在抗元过程里，文天祥对忠君与爱国二事处理得非常恰当。宋恭帝投降前，他起兵勤王;宋恭帝投降后，他没有跟着投降，而是坚持“君降臣不降”。
后来，文天祥兵败被囚，元朝又利用宋恭帝去劝他投降，他还是不从。在他看来，宋恭帝是君主，不幸而失去国家，值得同情。但当此之时，社稷为重君为轻，他决不能以忠君的行动去改变他忠于国家的信念。