理性是站在历史的高度和理论的高度，其判断具有历史的逻辑性和人生的逻辑性，定性适度，不随意拔高，也不随意贬损。在理性方面，余秋雨散文的重要意义就是提出这样一个问题：“处在一个精神危机或者说道德真空的时代，一个民族依靠什么样的凝聚力来维系这个民族五千年文明的连续发展?来保持这种文化的传递?” [1]
余秋雨本人的回答是：“艺术家能在理性的宁静中透示作品的精灵，不是技巧之意，而是平日默默地以人格贴近自然界和世间的天籁所致。只有习惯于思考，习惯于虔诚地膜拜自然的人，才能从容地进入这一境界……”[2]这个“习惯”从何而来呢?显然是来源于作家自身的文学使命感和崇高感。同时，也正因为善思、勤思，他才能绵绵不绝地借自然显现历史，再以历史显现文化，进而以文化显现存在，不仅提升了他本人的自我人生境界，也提升了文学的品质。这种渗透了作家渊博的文学、史学功底、广阔的文化意识及深厚的人生定力的深邃运思，把大陆散文引向汇聚古今、吐纳千年的理性高峰，洗去了散文长期以来甜媚无骨的轻飘俗丽。
剖析余氏散文，不难发现，这种理性的反思集中体现在以下几个方面：
1、思索文明断裂的痕迹
《一个王朝的背影》好像破例写政治人格。然而余秋雨着眼的是从一座皇家园林――承德避暑山庄中概括出清王朝从兴旺到发达到一败涂地的历程。这个历程不是政治的历程，而是文化人格的衰败退化的历程。文中将长城的防卫作用与避暑山庄的威慑作用和外八庙的友好往来相比，将清朝康熙等几位精力强健的皇帝与明朝后期几个精神萎顿的皇帝相比，说明“有时，个人的生命和人格会给历史留下重重的印记。”作品称道康熙皇帝具有超乎寻常的生命力，因为他们人格比较健全，“他把生命从深宫里释放出来，在旷野、猎场和各个知识领域挥洒，避暑山庄就是他这种生命方式的一个重要吐纳口站。”
《抱愧山西》中，作者努力挖掘中国早期商业文明何以衰亡的社会政治和人文心理因素。文章以散文的形式寻绎中国的商业传统，虽还不够深厚，但其令人折服的说理和火一般的热情还是让人相信：只要有较为合适的社会政治气候，中国的传统文化中完全可以开出一股蓬勃的强劲的现代商业精神。
2、渴望精神世界的回归
如《风雨天一阁》中，余秋雨不厌其烦地叙述天一阁藏书楼主范氏家族历时几百年、经历几个朝代更迭的艰辛苦守悲剧――凝聚了古文明硕果的书籍一次又一次被损毁，而一个家族以一种罕见坚毅持久的文化品格在近现代的乱世中保持和传递这些书籍，也同样传递着文化和历史。余秋雨赞叹道：“作为一种古典文化事业的象征存在着，让人联想到中国文化保存和流传的艰辛历程，联想到一个古老民族对于文化的苛求是何等悲怆和神圣。”
在《流放者的土地》中，被流放的文化人如何“死而复生”，开掘蛮荒的边地，撒播文明的种子，可以说是被碾碎了的文明碎片努力展示其光洁明亮的艰难尝试。它写了一批被流放的文人强健的人格精神和以文化为底蕴的生命状态。这些文人大多是一些品格端庄之人，他们的获罪只因为直陈时弊，刚直不阿。在人格精神不健全的封建专制时代，统治者需要的是驯顺和媚骨，却容不得半点异己思想和言论。因此，这批文人成了披枷戴锁的流浪者。可他们毕竟是文人，“当灾难初临时，他们比一般人更紧张，更痛苦，更缺少应付的能耐。”但又因为他们是文人，所以“当这关口渡过之后，他们中部分人的文化意识又会重新苏醒，开始与灾难周旋，在灾难中洗涮掉那些只有走运时才会追慕的虚浮层面，去寻求生命的底蕴”。于是在冰天雪地、空寂荒凉的东北，这批文人以自身的正直和善良，去发现友情，在馈赠友情的同时也回收着友情。在这里，友情成了衡量他们人格高贵与否的尺度。因此，作者断言：“在漫长的中国封建社会中，最珍贵、最感人的友谊必定产生在朔北和南方的流放地，产生在那些蓬头垢面的文士中间。友情，复苏了流放者的生命意识，也点燃了流放者内心高贵的火种，同时也为东北‘创造了一个味道浓厚的精神世界’”。因而他们“实现了文化意义上的回归”。
同样，《苏东坡突围》中，苏东坡承受灾难之后实现了艺术生命的再生，文明的碎片在碾压之后愈加坚韧光洁，创造了新的文化光辉。
3、追寻传统文化的精髓
作家以现代理性和人文精神，试图在历史残简中捡拾一块碎片，踏着文明的足迹寻找其中凝聚的中华文化的精髓。《笔墨祭》中，作者借祭奠毛笔文化而对传统文化的表现方式进行了吟咏：“毛笔书法是一种超纯超净的心灵外化形式，天地之间恐怕再也找不出比毛笔书法更能直接而又真纯地与人的生命沟通对话的艺术形式了，毛笔文化的失落，无疑使人类文明失去了一块芳草地。”在对毛笔文化在现当代的地位价值作了概括的同时，又进行了“取其精华去其糟粕”的“古为今用”式的扬弃。《青云谱随想》中，余秋雨表示特别喜欢疯疯癫癫的徐渭、石涛、朱耷等等，而不喜欢舒适得难以看得出个体精神状况的唐朝画家周舫。他从艺术入手肯定个性张扬的创作否定笔墨趣味的单纯追求，另外，如《白发苏州》、《千年庭院》等也都体现出作者欲对传统文化作科学理性扬弃的尝试，这可以说是余秋雨一直努力的方向。
所以，作家四处漫游的脚印总是抬得很不轻松，他总紧蹙双眉，目光深邃而迷离，每一次的出发和寻找既是源于一个现代人难以逃脱的`漂泊感，又是他听从心灵的家园的呼唤必然的结果，面对现代的喧嚣和浮躁，他选择了徜徉于悠久的历史文化中，对传统作反思，蕴涵着执著深沉的家国之恋和民族文化之爱;他把思考一直深入到中华文明的根底，在与历史文化精魂的对话中，试图从中呼唤出一种健全的现代的理性的、能为国家发展为民族前途不断提供动力的文明，也以次超越自己和众多漂泊无依的现代灵魂，实现民族文化人格和伦理道德的再造。
曾有学者认为，“余秋雨的理性精神是对一般愤世嫉俗的超越，表达了一种文化建设的精神、一种培养文明的精神。”[3]将其延伸，笔者认为，这更是中国大陆特殊历史时期的政治文化发展使作家兼负了一种求索的目光，尤其是八十年代以来的文化寻根和其后的反思更使余秋雨对传统文化在温和的眷恋中多了一份清醒和自信，以理性的思辨对传统文化进行冷静剖析，在体味、诘问中进行深刻反思。所以他反思的目的是“扬弃传统文化，思考着如何实现古老华夏文明的现代转化，为中华文明的生命与前途寻找正确坐标，指导未来。”[4] 正如余秋雨在解释《道士塔》的文化底蕴时说，“至少有一个原始的主题目：什么是蒙昧和野蛮，什么是它们的对手――文明?每一个搏斗，文明都未必战胜，因此我们要远远近近为他呼喊几声。”