写作始于一九九二年，成于一九九四年，1995年8月在台湾出版，于1998年9月交由文汇出版社出版了大陆版的《山居笔记》。主要描写了余秋雨以直接感悟的方式探访中华文明的第二阶段记述。
《山居笔记》是余秋雨在1992年至1994年间创作成的，共11篇文章。写作期间，作者辞去了学院的职务，不再上班；同时将写作与考察联在一起，很多写到的地方一去再去。
在作者的总体计划上，这本《山居笔记》是他以直接感悟方式探访中华文明的第二阶段记述。第一阶段的记述是《文化苦旅》，在那本书中，他背负着生命的困惑，去寻找一个个文化遗迹和文化现场，然后把自己的惊讶和感动告诉读者。但是等到走完写完，发觉还有不少超越具体遗迹的整体性难题需要继续探访。作者将这些问题归为：对于政治功业和文化情结的互相觊觎和生死与共；对于文化灵魂的流放、毁灭和复苏；对于商业文明与中华文化的`狭路相逢和擦肩而过；对于千年科举留给社会历史的功绩和留给群体人格的祸害；对于稀有人格在中华文化中断绝的必然和祭奠的必要；对于君子和小人这条重要界线的无处不在和难于划分。随后，余秋雨便创作了这本《山居笔记》。
《山居笔记》并没有比《文化苦旅》有所进步，它的核心概念在前一本书中已经全部出现了：对文明盛衰的感慨，对尊崇文化的呼吁，对健全人格的向往。它的写作模式也没有什么变化：先由一件什么事起头，在巧合和偶遇中，发现了一根什么线索，然后“目光遥遥地投向历史的深处”，一篇文化散文诞生了。
《山居笔记》发扬的，是《文化苦旅》中的根本性缺失：在文化单一前提下的文化决定论。这是余秋雨的一贯思路。在《文化苦旅》中，借助山水的记叙，还不那么显眼，到了《山居笔记》，这层依傍没有了，这点便愈发见得分明。《天涯故事》，作者随便拈出几个历史人物，就敢断言海南文明是“女性文明”，从此便洋洋洒洒议论开去。要在几千年的海南历史中找出骁勇善战、剽悍迅捷的例证，决非难事。所以还可以比余秋雨更全面地说海南岛是“两性文明”。《遥远的绝响》，劈头一句话就判定了魏晋名士多被杀是因为他们有能力辅佐各个“统治集团”；“文人成批被杀”；这个问题不解决，后面的文字就成了为议论而议论，为抒情而抒情。然而不管，径自写开去。试参看鲁迅《魏晋风度及文章与药及酒之关系》，才能知道什么叫做史家眼光。
再来看作者颇为自得的《十万进士》，如果科举史实叙述还大致不差的话，最后的一句问话充分显现了余秋雨的思维方式：“灿烂的中国文明，繁密的华夏人才，究竟中了什么邪，要一头钻进这种鬼火、呻吟和恶臭里边？”在余秋雨眼里，科举制度就成了中国文明的代表，考举者也就囊括了华夏人才。经过余秋雨一解剖，才发现，原来中国文明史就是如此简单，简单到一篇散文就可以总结出一个文化命题！
要批评的，不是余秋雨史料的错误，不是《山居笔记》煽情的写法，甚至不是余秋雨喜欢标举的文化高调，而是它们背后的思考进路。史料到了余秋雨手中，往往成了随意拿捏的泥团；抒情议论对于文化散文，通通是朱红青紫的颜料，一篇文字旁征博引，花团锦簇，还有“文化”的光环，可是作者的结论靠这些东西是推不出的。一次两次不觉得，读多了就能感觉到。
这里我要引用一位父执信中的话：“他（余秋雨）写到的别的地方，如道士塔，没有去过，不好评说。但如都江堰，太熟了，就不免觉得他有点‘洒狗血’……”“洒狗血”是京剧术语，意指造作、不真实的作派。《霸王别姬》里程蝶衣骂从花满楼赤脚逃出来的段小楼的相好，就是：“那就别在这儿洒狗血了。”汪曾祺在《泰山片石》里称扬杜甫的“岱宗夫如何？齐鲁青未了”，说李白的“天门一长啸，万里清风来”就有点洒狗血。