1、认证途径不同：自营旗舰店是指生产厂家自己经营的旗舰店；官方旗舰店指的是经生产厂家官方认可旗舰店。
2、销售方式不同：自营店就是销售平台的供货商；而官方旗舰店就是品牌方开的店铺 ，象征着品牌。
3、销售渠道不同：自营就是厂家卖给店家，以后店家再卖给消费者；品牌方开的旗舰店就是由厂家卖给消费者。
4、物流不同：自营店是从商家那里采购回来放在仓库，用自己的物流配送，速度比较快，有问题上门取件会给更换；官方旗舰店一般是入驻的商家，有第三方物流，相对会慢一些。
5、毛利润不同：自营店利润低， 账期久；官方旗舰店无假货，利润相对高。