1、适用范围不同：一般纳税人提供应税服务适用一般计税方法计税;而小规模纳税人提供应税服务适用简易计税方法计税。一般纳税人发生财政部和国家税务总局规定的特定应税行为，可以选择适用简易计税方法计税，但一经选择，36个月内不得变更。
2、税率不同：简易计税办法使用的税率一般以3%较为常见，在营改增之后，某些行业存在5%的简易征收率；一般计税方法使用的税率根据使用情形主要涉及的是16%、10%、6%等不同税率。
3、对于进项税抵扣的规定不同。一般计税方法的应纳税额是当期销项税额抵扣当期进项税额后的余额。而简易计税方法的应纳税额，是按照销售额和增值税征收率计算的增值税额，不得抵扣进项税额。