1、用于寒热往来，感冒发热；本品味辛苦，气微寒，芳香疏泄，尤善于疏散少阳半表半里之邪，而为治疗邪在少阳，寒热往来、胸胁苦满、口苦咽干等少阳证之要药，多配黄芩等同用，如小柴胡汤；用治感冒发热。竹叶柴胡也有良好的疏散退热作用，常与甘草同用，若热邪较甚，可配葛根、黄芩、石膏等同用，如柴葛解肌汤；现有用柴胡制成的单味或复方注射液，对于外感发热，有较好的解热作用。
2、用于肝郁气滞，月经不调，胸胁疼痛；本品能条达肝气，疏肝解郁，调经止痛。常与当归、白芍等同用，如逍遥散；对于胸胁疼痛，不论内伤肝郁，外伤跌扑，均可应用，常与香附、川芎、芍药等同用，加柴胡疏肝散。
3、用于气虚下陷，久泻脱肛；本品长于升举脾胃清阳之气，善治气虚下陷神倦发热，食少便溏，久泻脱肛，胃、子宫下垂等症，常配人参、黄芪、升麻等同用，如补中益气汤。